სააგენტო მონიტორინგს უწევს ბენეფიციარის მიერ ვალდებულებების შესრულებას და კომპონენტის ფარგლებში გაცემული სესხების მიზნობრივ ხარჯვას. მონიტორინგის განხორციელების დრო და ფორმა განისაზღვრება სააგენტოს მიერ. პროექტით განსაზღვრული პირობების დარღვევის დადასტურების შემთხვევაში, სააგენტო იმოქმედებს კომერციულ ბანკებსა და ბენეფიციარებთან დადებული ხელშეკრულებებისა და სააგენტოში მოქმედი წესებისა და პროცედურების შესაბამისა