სახელმწიფო დაცვის სპეციალური სამსახურის საქმიანობის ძირითადი პრინციპებია:
ა) კანონიერება;
ბ) ადამიანის საყოველთაოდ აღიარებული უფლებების დაცვა და პატივისცემა;
გ) ურთიერთკოორდინირებული და ურთიერთშეთანხმებული მოქმედება სამართალდამცავ და სახელმწიფო ხელისუფლების სხვა ორგანოებთან;
დ) ერთმმართველობა და ცენტრალიზაცია;
ე) ორგანიზაციული, დაცვითი, რეჟიმული, ოპერატიულ-სამძებრო, ტექნიკური, ღია და ფარული მეთოდების ურთიერთშერწყმ