1. დეპარტამენტს ხელმძღვანელობს უფროსი.
2. დეპარტამენტის უფროსს კანონმდებლობით დადგენილი წესით თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს მინისტრი.
3. დეპარტამენტის უფროსი ანგარიშვალდებულია მინისტრის წინაშე.
4. დეპარტამენტის უფროსი თავისი კომპეტენციის ფარგლებში:
ა) ხელმძღვანელობს და წარმართავს დეპარტამენტის საქმიანობას;
ბ) წარმოადგენს დეპარტამენტს მასზე დაკისრებული უფლება-მოვალეობების განხორციელებისას;
გ) ზედამხედველობს დეპარტამენტის საჯარო მოსამსახურეებს, მათ მიერ თავიანთი სამსახურებრივი მოვალეობების ჯეროვან შესრულებას, ახორციელებს მათ მიერ დაწესებულების შინაგანაწესის შესრულების კონტროლს;
დ) დადგენილი წესის მიხედვით იხილავს შემოსულ კორესპონდენციას და იღებს შესაბამის გადაწყვეტილებას;
ე) კოორდინაციას უწევს დეპარტამენტის საჯარო მოსამსახურეების საქმიანობას და უნაწილებს მათ ფუნქციებს ცოდნისა და კვალიფიკაციის შესაბამისად;
ვ) შეიმუშავებს და მინისტრს დასამტკიცებლად წარუდგენს შიდა აუდიტის სტრატეგიულ და წლიურ გეგმებს;
ზ) ახორციელებს მონიტორინგს შიდა აუდიტის წლიური გეგმის შესრულებაზე და შიდა აუდიტის დეპარტამენტის მიერ შიდა აუდიტის მეთოდოლოგიის გამოყენებაზე;
თ) უზრუნველყოფს ფინანსური მართვისა და კონტროლის სისტემის, ასევე დაწესებულების ორგანიზაციული სტრუქტურისა და ფუნქციების შეფასებას;
ი) ახორციელებს მონიტორინგს შიდა აუდიტის ობიექტისთვის მიცემული რეკომენდაციების შესრულებაზე;
კ) თანამშრომლობს ჰარმონიზაციის ცენტრთან და მოთხოვნის შემთხვევაში აწვდის მას შესაბამის დოკუმენტაციასა და ინფორმაციას;
ლ) ითვალისწინებს ჰარმონიზაციის ცენტრის მიერ საქართველოს კანონმდებლობის ფარგლებში გაცემულ შესაბამის რეკომენდაციებსა და მითითებებს;
მ) შეიმუშავებს და ახორციელებს შიდა აუდიტის ხარისხის უზრუნველყოფისა და გაუმჯობესების პროგრამას;
ნ) უზრუნველყოფს დეპარტამენტის საჯარო მოსამსახურეთა კვალიფიკაციის ამაღლების ხელშეწყობას;
ო) მინისტრს წარუდგენს წინადადებებს ცალკეული საკითხების მოწესრიგებისა და გადაწყვეტის მიზნით;
პ) მინისტრს წარუდგენს წინადადებებს შიდა აუდიტის დეპარტამენტის საჯარო მოსამსახურეების წახალისების და დისციპლინური წარმოების დაწყების შესახებ;
ჟ) შუამდგომლობს იმ სახსრების, მოწყობილობებისა და ინვენტარის გამოყოფაზე, რაც აუცილებელია დეპარტამენტის წინაშე მდგარი ფუნქციებისა და ამოცანების შესასრულებლად;
რ) უზრუნველყოფს დეპარტამენტის კომპეტენციაში შემავალი საკითხების შესრულების კონტროლს;
ს) პასუხისმგებელია დეპარტამენტში მიღებული გადაწყვეტილებების კანონიერებაზე;
ტ) ასრულებს მინისტრის ცალკეულ მითითებებსა და დავალებებს;
უ) ახორციელებს ამ დებულებით, მინისტრის სამართლებრივი აქტებით და კანონმდებლობით განსაზღვრულ სხვა ფუნქციებს.
5. დეპარტამენტის უფროსის დროებით არყოფნის ან მის მიერ უფლებამოსილების განხორციელების შეუძლებლობის შემთხვევაში, დეპარტამენტის უფროსის მოვალეობას დროებით ასრულებს მინისტრის მიერ განსაზღვრული დეპარტამენტის ერთ-ერთი თანამშრომელ