სამინისტროს სისტემის საქმიანობის გაუმჯობესებისა და მათი მიზნების მიღწევის ხელშეწყობის მიზნით, დეპარტამენტის ფუნქციები და ამოცანებია:

ა) სამინისტროსა და სამინისტროს სისტემის დაწესებულებების წინაშე არსებული რისკების მართვის ხარისხის შეფასება;

ბ) ფინანსური მართვისა და კონტროლის სისტემის ადეკვატურობისა და ეფექტიანობის შეფასება;

გ) სამინისტროსა და სამინისტროს სისტემის დაწესებულებების საქმიანობის საქართველოს კანონმდებლობასთან, არსებულ წესებთან და მარეგულირებელ აქტებთან შესაბამისობის შეფასება;

დ) სამინისტროსა და სამინისტროს სისტემის დაწესებულებების საქმიანობის ეკონომიურობის, ეფექტიანობისა და პროდუქტიულობის გაზრდის მიზნით რეკომენდაციების შემუშავება;

ე) ფინანსური და სხვა ინფორმაციის სანდოობის, სიზუსტისა და სისრულის შეფასება;

ვ) სამინისტროსა და სამინისტროს სისტემის დაწესებულებების აქტივების, სხვა რესურსებისა და ინფორმაციის ადეკვატურად დაცულობის შეფასება;

ზ) მენეჯერული პასუხისმგებლობის აღების გარეშე, ობიექტური საკონსულტაციო საქმიანობის განხორციელება მაძიებელის სპეციფიკური მოთხოვნის შესაბამისად რჩევის, ფასილიტირების და სწავლების გზით;

თ) სხვა საქმიანობები, რომლებიც გამომდინარეობს სამინისტროს ინტერესებიდან და არ ეწინააღმდეგება საქართველოს კანონმდებლობას, „სახელმწიფო შიდა ფინანსური კონტროლის შესახებ“ საქართველოს კანონის მიზნებსა და აუდიტორის დამოუკიდებლობის პრინციპებ