სამინისტროს სისტემის საქმიანობის გაუმჯობესებისა და მათი მიზნების მიღწევის ხელშეწყობის მიზნით, დეპარტამენტის ფუნქციები და ამოცანებია:
ა) სამინისტროსა და სამინისტროს სისტემის დაწესებულებების წინაშე არსებული რისკების მართვის ხარისხის შეფასება;
ბ) ფინანსური მართვისა და კონტროლის სისტემის ადეკვატურობისა და ეფექტიანობის შეფასება;
გ) სამინისტროსა და სამინისტროს სისტემის დაწესებულებების საქმიანობის საქართველოს კანონმდებლობასთან, არსებულ წესებთან და მარეგულირებელ აქტებთან შესაბამისობის შეფასება;
დ) სამინისტროსა და სამინისტროს სისტემის დაწესებულებების საქმიანობის ეკონომიურობის, ეფექტიანობისა და პროდუქტიულობის გაზრდის მიზნით რეკომენდაციების შემუშავება;
ე) ფინანსური და სხვა ინფორმაციის სანდოობის, სიზუსტისა და სისრულის შეფასება;
ვ) სამინისტროსა და სამინისტროს სისტემის დაწესებულებების აქტივების, სხვა რესურსებისა და ინფორმაციის ადეკვატურად დაცულობის შეფასება;
ზ) მენეჯერული პასუხისმგებლობის აღების გარეშე, ობიექტური საკონსულტაციო საქმიანობის განხორციელება მაძიებელის სპეციფიკური მოთხოვნის შესაბამისად რჩევის, ფასილიტირების და სწავლების გზით;
თ) სხვა საქმიანობები, რომლებიც გამომდინარეობს სამინისტროს ინტერესებიდან და არ ეწინააღმდეგება საქართველოს კანონმდებლობას, „სახელმწიფო შიდა ფინანსური კონტროლის შესახებ“ საქართველოს კანონის მიზნებსა და აუდიტორის დამოუკიდებლობის პრინციპებ