1. ინსტიტუტის სამეცნიერო საქმიანობას ხელმძღვანელობს ინსტიტუტის სამეცნიერო საბჭო, რომელიც შედგება 7 წევრისაგან.
2. სამეცნიერო საბჭო:
ა) აკისრებს დირექტორის მოვალეობის შესრულებას მოქმედ დირექტორს ან მის მოადგილეს დირექტორის უფლებამოსილების შეწყვეტის შემთხვევაში;
ბ) სიითი შემადგენლობის უმრავლესობით ღია კონკურსის წესით ირჩევს ინსტიტუტის დირექტორს, დირექტორის უფლებამოსილების შეწყვეტიდან ერთი თვის განმავლობაში;
გ) ინსტიტუტის დირექტორის წარდგინებით ისმენს ინფორმაციას ინსტიტუტის ბიუჯეტის შესრულების შესახებ;
დ) უფლებამოსილია კანონმდებლობითა და ამ წესდებით გათვალისწინებულ შემთხვევებში და წესით ხელშეკრულება შეუწყვიტოს ინსტიტუტის დირექტორს;
ე) სამეცნიერო კვლევაში ჩაურევლად განიხილავს და განსაზღვრავს ინსტიტუტის სამეცნიერო საქმიანობის ძირითად მიმართულებებსა და უზრუნველყოფს ამ მიმართულებათა სწორად განხორციელებას;
ვ) ღია კონკურსის საფუძველზე ფარული კენჭისყრით ირჩევს ინსტიტუტის სტრუქტურული ერთეულის ხელმძღვანელს, რომელსაც ამტკიცებს დირექტორი;
ზ) სამინისტროსთან შეთანხმებით ამტკიცებს საშტატო განრიგს;
თ) ითანხმებს ინსტიტუტის დირექტორის მიერ შემუშავებული წესდების ცვლილებებისა ან/და დამატებების პროექტს;
ი) მოისმენს და განიხილავს სტრუქტურული ერთეულების ხელმძღვანელების, ცალკეულ მეცნიერთა საქმიანობის შედეგებს/ანგარიშებს, პრობლემატურ სამეცნიერო საკითხებს, თანამშრომლების სამეცნიერო მოხსენებებს;
კ) საქართველოს მეცნიერებათა ეროვნულ აკადემიას განსახილველად წარუდგენს ინსტიტუტის საქმიანობის წლიურ სამეცნიერო ანგარიშს;
ლ) განიხილავს სხვა საგანმანათლებლო და სამეცნიერო დაწესებულებებთან სამეცნიერო თანამშრომლობის საკითხებს;
მ) იღებს გადაწყვეტილებებს სამეცნიერო ჟურნალების გამოცემის თაობაზე, უფლებამოსილია შეარჩიოს სამეცნიერო ჟურნალების სარედაქციო კოლეგიები და პერიოდულად მოისმინოს მათი მუშაობის ანგარიშები;
ნ) ამ წესდებით დადგენილი წესით ქმნის კონკურსის სამდივნოს დირექტორისა და სტრუქტურული ერთეულის ხელმძღვანელის კონკურსის ორგანიზების მიზნით.
ო) დირექტორისა და სტრუქტურული ერთეულის ხელმძღვანელის კონკურსის და არჩევნების ორგანიზების მიზნით გამოსცემს ინდივიდუალურ ადმინისტრაციულ-სამართლებრივ აქტს – გადაწყვეტილება