სამსახურის საქმიანობის მიზნები და ამოცანებია:

ა) თავისი კომპეტენციის ფარგლებში დანაშაულის თავიდან აცილება, გამოვლენა, გამოძიების სრული მოცულობით ჩატარება და საქართველოს სისხლის სამართლის საპროცესო კოდექსის შესაბამისად სათანადო ექსპერტიზის ორგანიზება და ჩატარება ამ კანონითა და საქართველოს სხვა ნორმატიული აქტებით მინიჭებული უფლებამოსილების საფუძველზე;

ბ) საფინანსო-ეკონომიკურ სფეროში ადმინისტრაციულ სამართალდარღვევათა პრევენცია და გამოვლენა საქართველოს ადმინისტრაციულ სამართალდარღვევათა კოდექსითა და სხვა ნორმატიული აქტებით მინიჭებული უფლებამოსილების საფუძველზე;

გ) საქართველოს ფინანსთა სამინისტროს სისტემის საქმიანობის უსაფრთხოებისა და სამსახურებრივი მოვალეობების შესრულების პროცესში ამ ორგანოთა თანამშრომლების მართლსაწინააღმდეგო ხელყოფისაგან დაცვის უზრუნველყოფა საქართველოს კანონმდებლობით დადგენილი წესით;

დ) საფინანსო-ეკონომიკურ სფეროში დანაშაულისა და კორუფციულ გარიგებათა პრევენცია, გამოვლენა და აღკვეთა;

ე) თავისი კომპეტენციის ფარგლებში ინფორმაციის მოპოვება და გაანალიზება მისი შემდგომი გამოყენების მიზნით.

საქართველოს 2010 წლის 24 სექტემბრის კანონი №3619-სსმI,№51,29.09.2010წ.,მუხ.3