გარემოს დაცვითი ძირითადი მიზნების, რესურსებით სარგებლობის და დაცული ტერიტორიების საერთაშორისო კატეგორიების გათვალისწინებით კოლხეთის ეროვნული პარკის ტერიტორიაზე გამოყოფილია შემდეგი ზონები:

ა) ბუნების მკაცრი დაცვის ზონა;

ბ) მართვადი დაცვის ზონა;

გ) ტრადიციული გამოყენების ზონ