გარემოსდაცვითი ძირითადი მიზნების, რესურსებით სარგებლობის და „დაცული ტერიტორიების სისტემის შესახებ“ საქართველოს კანონის მე-5 მუხლის გათვალისწინებით, ალგეთის ეროვნული პარკის ტერიტორიაზე გამოყოფილია შემდეგი ზონები:
ა) ბუნების მკაცრი დაცვის ზონა;
ბ) ვიზიტორთა ზონა;
გ) ტრადიციული გამოყენების ზონა