გარემოსდაცვითი ძირითადი მიზნების, რესურსებით სარგებლობის და „დაცული ტერიტორიების სისტემის შესახებ“ საქართველოს კანონის მე-5 მუხლის გათვალისწინებით, ალგეთის ეროვნული პარკის ტერიტორიაზე გამოყოფილია შემდეგი ზონები:

ა) ბუნების მკაცრი დაცვის ზონა;

ბ) ვიზიტორთა ზონა;

გ) ტრადიციული გამოყენების ზონ