1. პროგრამის დაფინანსების წყაროა სახელმწიფო ბიუჯეტით სააგენტოსთვის გათვალისწინებული ასიგნებები, ასევე, სააგენტოს კრედიტის უზრუნველყოფის თანამონაწილეობის ქვეანგარიშზე არსებული გამოთავისუფლებული სახსრები.
2. პროგრამის ფარგლებში განსახორციელებელი პროექტები შესაძლოა დამატებით დაფინანსდეს საერთაშორისო და დონორი ორგანიზაციების, ასევე, საქართველოს კანონმდებლობით ნებადართული სხვა სახსრები