დეპარტამენტი თავის საქმიანობაში ხელმძღვანელობს საქართველოს კონსტიტუციით, საქართველოს საერთაშორისო ხელშეკრულებებითა და შეთანხმებებით, აჭარის ავტონომიური რესპუბლიკის კონსტიტუციით, სამინისტროს დებულებით, აჭარის ავტონომიური რესპუბლიკის ჯანმრთელობისა და სოციალური დაცვის მინისტრის (შემდგომში - მინისტრი) სამართლებრივი აქტებით, ამ დებულებითა და საქართველოსა და აჭარის ავტონომიური რესპუბლიკის საკანონმდებლო და კანონქვემდებარე ნორმატიული აქტებით