დეპარტამენტის ამოცანები და ფუნქციებია:

ა) სამინისტროსა და სამინისტროს სისტემის დაწესებულებების წინაშე არსებული რისკების დადგენა და მათი მართვის ხარისხის შეფასება;

ბ) ფინანსური მართვისა და კონტროლის სისტემის ადეკვატურობისა და ეფექტიანობის შეფასება;

გ) სამინისტროსა და სამინისტროს სისტემის დაწესებულებების საქმიანობის საქართველოს კანონმდებლობასთან შესაბამისობის შეფასება/მონიტორინგი;

დ) სამინისტროსა და სამინისტროს სისტემის დაწესებულებების საქმიანობის ეკონომიურობის, ეფექტიანობისა და პროდუქტიულობის გაზრდის მიზნით რეკომენდაციების შემუშავება;

ე) ფინანსური და სხვა ინფორმაციის სანდოობის, სიზუსტისა და სისრულის შეფასება;

ვ) სამინისტროსა და სამინისტროს სისტემის დაწესებულებების აქტივების, სხვა რესურსებისა და ინფორმაციის ადეკვატურად დაცულობის შეფასება;

ზ) მოქალაქეთა მიღება და შესაბამისი კონსულტაციის გაწევა;

თ) სხვა საქმიანობები, რომლებიც გამომდინარეობს სამინისტროს საქმიანობის სპეციფიკიდან და არ ეწინააღმდეგება საქართველოს კანონმდებლობას და  „სახელმწიფო შიდა ფინანსური კონტროლის შესახებ” საქართველოს კანონის მიზნებსა და შიდა აუდიტორის დამოუკიდებლობის პრინციპებს