დეპარტამენტის ამოცანები და ფუნქციებია:
ა) სამინისტროსა და სამინისტროს სისტემის დაწესებულებების წინაშე არსებული რისკების დადგენა და მათი მართვის ხარისხის შეფასება;
ბ) ფინანსური მართვისა და კონტროლის სისტემის ადეკვატურობისა და ეფექტიანობის შეფასება;
გ) სამინისტროსა და სამინისტროს სისტემის დაწესებულებების საქმიანობის საქართველოს კანონმდებლობასთან შესაბამისობის შეფასება/მონიტორინგი;
დ) სამინისტროსა და სამინისტროს სისტემის დაწესებულებების საქმიანობის ეკონომიურობის, ეფექტიანობისა და პროდუქტიულობის გაზრდის მიზნით რეკომენდაციების შემუშავება;
ე) ფინანსური და სხვა ინფორმაციის სანდოობის, სიზუსტისა და სისრულის შეფასება;
ვ) სამინისტროსა და სამინისტროს სისტემის დაწესებულებების აქტივების, სხვა რესურსებისა და ინფორმაციის ადეკვატურად დაცულობის შეფასება;
ზ) მოქალაქეთა მიღება და შესაბამისი კონსულტაციის გაწევა;
თ) სხვა საქმიანობები, რომლებიც გამომდინარეობს სამინისტროს საქმიანობის სპეციფიკიდან და არ ეწინააღმდეგება საქართველოს კანონმდებლობას და „სახელმწიფო შიდა ფინანსური კონტროლის შესახებ” საქართველოს კანონის მიზნებსა და შიდა აუდიტორის დამოუკიდებლობის პრინციპებს