1. სააგენტო, ,,საჯარო სამართლის იურიდიული პირის შესახებ“ საქართველოს კანონის მე-11 მუხლის შესაბამისად, ექვემდებარება სახელმწიფო კონტროლს, რაც გულისხმობს მის მიერ განხორციელებული საქმიანობის კანონიერების მიზანშეწონილობის, ეფექტიანობისა და საფინანსო-ეკონომიკური საქმიანობის ზედამხედველობას.
2. სააგენტოს სახელმწიფო მაკონტროლებელი ორგანოა სამინისტრო, რომელსაც უფლება აქვს მოითხოვოს კონტროლის განსახორციელებლად საჭირო მასალებისა და ინფორმაციის წარდგენა.
3. სააგენტომ, სამინისტროს თანხმობითა და მოქმედი კანონმდებლობის შესაბამისად, შეიძლება შეასრულოს შემდეგი მოქმედებები:
ა) უძრავი ქონების შეძენა, გასხვისება და დატვირთვა;
ბ) სესხის აღება;
გ) თავდებობა;
დ) ბიუჯეტის, საშტატო ნუსხისა და სახელფასო ფონდის განსაზღვრა;
ე) სხვა გადაწყვეტილებები სააგენტოს ქონებასთან დაკავშირებით, თუ ისინი სცილდება ჩვეულებრივი საქმიანობის ფარგლებს;
ვ) თანამშრომელთა მატერიალური წახალისებისათვის გამოსაყოფი სახსრების, აგრეთვე შესაძენი საწვავისა და გასაწევი საკომუნიკაციო ხარჯების ოდენობისა და ლიმიტების განსაზღვრა.
4. ამ მუხლის მე-3 პუნქტის „ბ“ და „გ“ ქვეპუნქტებით გათვალისწინებულ მოქმედებათა შესასრულებლად აგრეთვე აუცილებელია საქართველოს ფინანსთა სამინისტროს თანხმობა.
5. კანონით დადგენილ შემთხვევაში, სააგენტო ვალდებულია საქართველოს მთავრობასთან შეათანხმოს მისი ბიუჯეტის პროექტი, საშტატო ნუსხა და სახელფასო ფონდი.
6. სამინისტროს, როგორც სახელმწიფო კონტროლის განმახორციელებელი ორგანოს, მიერ სააგენტოს საქმიანობასთან დაკავშირებით მიღებული ნებისმიერი გადაწყვეტილება უნდა იყოს დასაბუთებული და შეიძლება გასაჩივრდეს სასამართლოში.