სააგენტოს მიერ ფარული მეთვალყურეობის ღონისძიების განხორციელების საფუძველია:
ა) საქართველოს სისხლის სამართლის საპროცესო კოდექსის XVI1 თავის შესაბამისად მოსამართლის მიერ გამოტანილი განჩინება ან პროკურორის მიერ გამოცემული მოტივირებული დადგენილება გადაუდებელი აუცილებლობის შემთხვევაში ფარული საგამოძიებო მოქმედების ჩატარების შესახებ;
ბ) „კონტრდაზვერვითი საქმიანობის შესახებ“ საქართველოს კანონის მე-12–მე-14 მუხლების შესაბამისად ზედამხედველი მოსამართლის მიერ გაცემული ბრძანება ან სპეციალური სამსახურის ხელმძღვანელის მიერ მიღებული გადაწყვეტილება გადაუდებელი აუცილებლობის შემთხვევაში ელექტრონული თვალთვალის ღონისძიების განხორციელების შესახებ;
გ) ამ კანონის მე-16 მუხლის შესაბამისად ზედამხედველი მოსამართლის მიერ გაცემული ბრძანება სტრატეგიული მონიტორინგის ღონისძიების ან ინდივიდუალური მონიტორინგის ღონისძიების განხორციელების შესახე