სახელმწიფო შიდა კონტროლის დეპარტამენტის ძირითად ამოცანებსა და ფუნქციებს, დეპარტამენტის უფროსთან ერთად, ახორციელებენ სახელმწიფო შიდა კონტროლის დეპარტამენტის უფროსის მოადგილე და სახელმწიფო შიდა კონტროლის დეპარტამენტის თანამშრომლებ