საფინანსო-ეკონომიკური სამმართველოს უფლებამოსილებას მიეკუთვნება:
ა) სამინისტროს ფინანსური და სამეურნეო საქმიანობის კოორდინაცია და ერთიანი ბიუჯეტის პროექტის შემუშავება;
ბ) წლიური საბიუჯეტო კანონის საფუძველზე გამოყოფილი ფულადი სახსრების მართვა;
გ) საბუღალტრო აღრიცხვისა და ფინანსური ანგარიშგების უზრუნველყოფა;
დ) სამინისტროს ბიუჯეტის პროექტის მომზადება, საჭიროების შემთხვევაში მასში ცვლილების შეტანა, დამტკიცებული ბიუჯეტის კვარტალური განაწილება და ბიუჯეტის ყოველკვარტალური და წლიური ანგარიშის მომზადება სტრუქტურულ ქვედანაყოფთან ერთად;
ე) სახელმწიფო შესყიდვების ორგანიზება „სახელმწიფო შესყიდვების შესახებ“ საქართველოს კანონის შესაბამისად;
ვ) სამინისტროს მატერიალურ-ტექნიკური უზრუნველყოფა და სამინისტროს მოსამსახურეებისათვის სათანადო სამუშაო პირობების შექმნა;
ზ) სამინისტროს დებულებით, ამ დებულებითა და მოქმედი კანონმდებლობით განსაზღვრულ სხვა უფლებამოსილებათა განხორციელებ