1. სააგენტოს ხელმძღვანელობს სააგენტოს თავმჯდომარე, რომელსაც 5 წლის ვადით თანამდებობაზე ნიშნავს საქართველოს პრემიერ-მინისტრი.
2. სააგენტოს თავმჯდომარედ ინიშნება ნასამართლობის არმქონე საქართველოს მოქალაქე, რომელსაც აქვს:
ა) სამართლის/საერთაშორისო სამართლის, ფინანსების, ეკონომიკის ან ბიზნესის ადმინისტრირების მაგისტრის ან მასთან გათანაბრებული აკადემიური ხარისხი;
ბ) სამართლის/საერთაშორისო სამართლის, საფინანსო, ეკონომიკურ ან ბიზნესის ადმინისტრირების სფეროში მუშაობის არანაკლებ 5 წლის გამოცდილება.
3. სააგენტოს თავმჯდომარეს უფლებამოსილება უწყდება „საჯარო სამართლის იურიდიული პირის შესახებ“ საქართველოს კანონით გათვალისწინებულ შემთხვევებში და დადგენილი წესით.
4. სააგენტოს თავმჯდომარე:
ა) საქართველოს საკანონმდებლო აქტით დადგენილ შემთხვევებსა და ფარგლებში გამოსცემს კანონქვემდებარე ნორმატიულ აქტს – ბრძანებას;
ბ) საქართველოს კანონმდებლობის შესაბამისად გამოსცემს ინდივიდუალურ ადმინისტრაციულ-სამართლებრივ აქტს – განკარგულებას;
გ) წყვეტს სააგენტოს გამგებლობისთვის მიკუთვნებულ საკითხებს;
დ) თანამდებობებზე ნიშნავს და თანამდებობებიდან ათავისუფლებს სააგენტოს თანამშრომლებს, დებს შრომით ხელშეკრულებებს;
ე) ამტკიცებს სააგენტოს შინაგანაწესს, ადგენს სამუშაო აღწერილობებს სააგენტოში არსებული თანამდებობებისთვის და სააგენტოს თანამშრომელთა დამატებით საკვალიფიკაციო მოთხოვნებს;
ვ) იღებს გადაწყვეტილებებს სააგენტოს თანამშრომელთა წახალისებისა და მათთვის დისციპლინური პასუხისმგებლობის ზომების შეფარდების შესახებ;
ზ) ამტკიცებს სააგენტოში სტაჟირების გავლის წესს;
თ) განკარგავს სააგენტოს ასიგნებებს;
ი) წარმოადგენს სააგენტოს სახელმწიფო ხელისუფლების ორგანოებთან, ადგილობრივ და საერთაშორისო ორგანიზაციებსა და მესამე პირებთან ურთიერთობაში;
კ) ახორციელებს საქართველოს კანონმდებლობითა და სააგენტოს დებულებით განსაზღვრულ სხვა უფლებამოსილებებს.
5. სააგენტოს თავმჯდომარე კანონით დადგენილი წესით პასუხს აგებს სააგენტოს საქმიანობისთვი