1. დეპარტამენტი თანამშრომლობს სახელმწიფო აუდიტის სამსახურთან, მოთხოვნის შემთხვევაში აწვდის მას შესაბამის ინფორმაციას ან/და დოკუმენტაციას და მასთან ურთიერთობას წარმართავს შიდა კონტროლის საერთაშორისო სტანდარტების შესაბამისად.

2. დეპარტამენტი „სახელმწიფო შიდა ფინანსური კონტროლის შესახებ“ საქართველოს კანონის შესაბამისად, თანამშრომლობს ჰარმონიზაციის ცენტრთან და აღნიშნული კანონით განსაზღვრულ შემთხვევებში მოქმედებს მასთან კოორდინირებულად.

3. დეპარტამენტის თანამშრომლობა სხვა უწყებებთან ხორციელდება საქართველოს კანონმდებლობის შესაბამისა