1. დეპარტამენტი, შიდა აუდიტის კომპეტენციაში შემავალ საკითხებთან დაკავშირებით, შიდა კონტროლის საერთაშორისო სისტემის პრინციპების შესაბამისად, თანამშრომლობს და ურთიერთობას წარმართავს:
ა) ჰარმონიზაციის ცენტრთან, მოთხოვნის შემთხვევაში აწვდის მას შესაბამის დოკუმენტაციასა და ინფორმაციას და მომდევნო წლის იანვრის ბოლომდე წარუდგენს შიდა აუდიტის წლიურ ანგარიშს;
ბ) სახელმწიფო აუდიტის სამსახურთან და მოთხოვნის შემთხვევაში აწვდის მას შესაბამის ინფორმაციას ან/და დოკუმენტაციას;
გ) ფინანსთა სამინისტროს შიდა აუდიტის დეპარტამენტთან და მოთხოვნის შემთხვევაში აწვდის მას შესაბამის დოკუმენტაციასა და ინფორმაციას;
დ) საქართველოს იუსტიციის სამინისტროს მმართველობის სფეროში მოქმედ საჯარო სამართლის იურიდიულ პირთან − მონაცემთა გაცვლის სააგენტოსთან.
2. დეპარტამენტი სხვა უწყებებთან თანამშრომლობს საქართველოს კანონმდებლობის შესაბამისა