1. სამსახური ფუნქციურად დამოუკიდებელია თავის საქმიანობაში, დაუშვებელია მის საქმიანობაში ჩარევა ან ამ საქმიანობასთან დაკავშირებით მისთვის ანგარიშის მოთხოვნა, თუ ეს პირდაპირ არ არის გათვალისწინებული საქართველოს კანონმდებლობით. სამსახური ანგარიშვალდებულია აფხაზეთის ავტონომიური რესპუბლიკის განათლებისა და კულტურის მინისტრის (შემდგომში –
მინისტრი) წინაშე და „სახელმწიფო შიდა ფინანსური კონტროლის შესახებ“ საქართველოს კანონით განსაზღვრულ შემთხვევებში მოქმედებს ჰარმონიზაციის ცენტრთან კოორდინირებულად.
2. სამსახური თავის ფუნქციებს წარმართავს საქართველოსა და აფხაზეთის კონსტიტუციებით, „სახელმწიფო შიდა ფინანსური კონტროლის შესახებ“ საქართველოს კანონით, ამ დებულებით, სამინისტროს დებულებითა და სხვა მოქმედი კანონმდებლობით. იცავს საქართველოს საერთაშორისო ხელშეკრულებებით და შეთანხმებებით აღიარებულ ძირითად პრინციპებს და საქმიანობას წარმართავს დამოუკიდებლობის, კეთილსინდისიერების, ობიექტურობის, პროფესიონალიზმის, კანონიერების, გამჭვირვალობის, საჯაროობის და სამართლიანობის პრინციპებით.
3. სამსახურის კომპეტენციის ფარგლებში შესწავლისა და ანალიზის საგანი შესაძლებელია იყოს სამინისტროს სისტემაში მიმდინარე ყველა პროცესი და საქმიანობის სფერო.
4. სამსახური მოქმედებს სახელმწიფო შიდა კონტროლის დეპარტამენტის (ჰარმონიზაციის ცენტრის) მიერ შემუშავებული მეთოდოლოგიური დოკუმენტების, მეთოდური მითითებების, სტანდარტების და სხვა სამართლებრივი აქტების საფუძველზ