სამსახურის ფუნქციებია:

ა) სამინისტროს სისტემის წინაშე არსებული პოტენციური რისკებისა და მათ სამართავად დანერგილი კონტროლის სისტემის ხარისხის შეფასება;

ბ) სამინისტროს სისტემაში ფინანსური მართვისა და კონტროლის სისტემის ადეკვატურობისა და ეფექტიანობის შეფასება;

გ) სამინისტროს სისტემის საქმიანობის საქართველოს კანონმდებლობასთან შესაბამისობის შეფასება/მონიტორინგი;

დ) სამინისტროს სისტემის საქმიანობის ეკონომიურობის, ეფექტიანობისა და პროდუქტიულობის გაზრდის მიზნით რეკომენდაციების შემუშავება;

ე) სამინისტროს სისტემაში ფინანსური და სხვა ინფორმაციის სანდოობის, სიზუსტისა და სისრულის შეფასება;

ვ) სამინისტროს სისტემაში აქტივების, სხვა რესურსებისა და ინფორმაციის ადეკვატურად დაცულობის შეფასება;

ზ) სამინისტროს სისტემის საქმიანობაში არსებული რისკების მართვის ხარისხის შეფასება;

თ) სხვა საქმიანობები, რომლებიც გამომდინარეობს სამინისტროს ინტერესებიდან და არ ეწინააღმდეგება საქართველოს კანონმდებლობას, „სახელწიფო შიდა ფინანსური კონტროლის შესახებ“ საქართველოს კანონის მიზნებსა და აუდიტორის დამოუკიდებლობის პრინციპებ