1.დეპარტამენტი ფუნქციურად დამოუკიდებელია შიდა აუდიტის დაგეგმვის, განხორციელების და ანგარიშგების პროცესში. დეპარტამენტი ანგარიშვალდებულია უშუალოდ მინისტრის წინაშე და „სახელმწიფო შიდა ფინანსური კონტროლის შესახებ“ საქართველოს კანონით განსაზღვრულ შემთხვევებში მოქმედებს ჰარმონიზაციის ცენტრთან კოორდინირებულად.
2. დაუშვებელია დეპარტამენტისა და დეპარტამენტის საჯარო მოსამსახურის საქმიანობაში სამინისტროს სხვა თანამდებობის პირთა ნებისმიერი ფორმით ჩარევა ან ამ საქმიანობასთან დაკავშირებით მისთვის ანგარიშის მოთხოვნა, თუ ეს პირდაპირ არ არის გათვალისწინებული საქართველოს კანონმდებლობით.
3. ნებისმიერი შეზღუდვა, რაც ხელს უშლის შიდა აუდიტის დამოუკიდებლად და ეფექტურად ჩატარებას, ან ქმნის ამ საფრთხის წარმოშობის წინაპირობას, განიხილება, როგორც მნიშვნელოვანი დაბრკოლება. ასეთი გარემოებების არსებობისას დეპარტამენტის უფროსი უზრუნველყოფს მინისტრის ინფორმირებას აღნიშნულის შესახებ, რათა გატარდეს შესაბამისი ღონისძიებები მსგავსი დაბრკოლებების განმეორების თავიდან ასაცილებლად.
4. დეპარტამენტი არ არის პასუხისმგებელი სამინისტროს სისტემაში პროცედურების ან სისტემის განვითარებასა და განხორციელებაზე, მათ შორის, არ მონაწილეობს კომისიის/საბჭოს/მართვის ჯგუფის მიერ გადაწყვეტილების მიღების პროცესში, გარდა ამ დებულებით განსაზღვრული უფლება-მოვალეობისა და არ ასრულებს სხვა ფუნქციებს გარდა „სახელმწიფო შიდა ფინანსური კონტროლის შესახებ“ საქართველოს კანონით და ამ დებულებით განსაზღვრული უფლება-მოვალეობების