ინსტიტუტის სახელმწიფო კონტროლის განმახორციელებელი ორგანოა საქართველოს განათლებისა და მეცნიერების სამინისტრო, რომელიც ახორციელებს ინსტიტუტის საქმიანობის კანონიერების, მიზანშეწონილობის, ეფექტიანობისა და საფინანსო-ეკონო
მიკური საქმიანობის ზედამხედველობას. სამინისტრო უფლებამოსილია მოსთხოვოს ინსტიტუტს კონტროლის განსახორციელებლად საჭირო ნებისმიერი მასალისა და ინფორმაციის წარმოდგენა