დეპარტამენტის ძირითადი ფუნქციებია:
ა) აფხაზეთის და აჭარის ავტონომიური რესპუბლიკებისა და ადგილობრივი თვითმმართველი ერთეულების ბიუჯეტების შემოსულობების სახსრების მფლობელების მიხედვით განაწილებისათვის საგადახდო დავალებების რეგისტრაცია;
ბ) საჯარო სამართლის იურიდიული პირის –
შემოსავლების სამსახურის, სხვა სახელმწიფო დაწესებულებების, ადგილობრივი თვითმ
მართველობის ორგანოების და სხვა ორგანიზაციების მიხედვით, მათ მიერ სახელმწიფო ხაზინის ერთიან ანგარიშზე მობილიზებული თანხების შესახებ ინფორმაციის მომზადება და შესაბამისი ამონაწერებით უზრუნველყოფა;
გ) ხაზინის ერთიანი ანგარიშის
დაბრუნების ქვეანგარიშიდან ზედმეტად ან შეცდომით გადახდილი გადასახადების/სანქციის
დაბრუნების ან/და საინვესტიციო პროექტის განხორციელებისას წარმოქმნილი საგადასახადო ვალდებულებების დაფარვის მიზნით ოპერაციების განხორციელება, აღრიცხვა და ანგარიშგება;
დ) ბიუჯეტის შემოსულობის ზედმეტად ან შეცდომით გადახდილი თანხების სახსრების მფლობელის მიმდინარე შემოსულობების ფარგლებში დაბრუნება, შემოსულობის სხვა სახეში გადატანა ან/და სახელმწიფო ხაზინის ერთიან ანგარიშზე გადასახადის არასწორი სიმბოლოებით მიმართვისას შეცდომის გასწორება, აღრიცხვა და ანგარიშგება;
ე) ბიუჯეტის შემოსულობის ზედმეტად ან შეცდომით გადახდილი თანხების დაბრუნების მიზნით სახელმწიფო ხაზინის სავალუტო ანგარიშებზე ოპერაციების განხორციელება;
ვ) სახელმწიფო ხაზინის ერთიან ანგარიშზე განთავსებული დეპოზიტური თანხების აღრიცხვა, სახელმწიფო, აფხაზეთისა და აჭარის ავტონომიური რესპუბლიკებისა და ადგილობრივი თვითმ
მართველი ერთეულების ბიუჯეტებში შესაბამისი შემოსულობის სახეების მიხედვით მიმართვა, გადამხდელისათვის უკან დაბრუნება და შეცდომით განთავსებული დეპოზიტური თანხის ერთი სადეპოზიტო კოდიდან სხვა სადეპოზიტო კოდზე გადატანა;
ზ) კომპეტენციის ფარგლებში,საგადახდო დავალებების რეგისტრაცია და გადაგზავნა ელექტრონული სახით ანგარიშსწორების
დეპარტამენტში