დეპარტამენტის ძირითადი ფუნქციებია:
ა) დეპარტამენტის მომსახურებაზე მყოფი ორგანიზაციების მიერ წარმოდგენილი სადამფუძნებლო იურიდიული დოკუმენტაციის მიღება და ამ დოკუმენტაციასთან საგადახდო საბუთების შესაბამისობის კონტროლი;
ბ)
მოქმედი კანონმდებლობით დადგენილი წესებით, დეპარტამენტის მომსახურებაზე მყოფი ორგანიზაციების მიერ წარმოდგენილი ვალდებულებების დარეგისტრირება სახელმწიფო ხაზინის საინფორმაციო სისტემაში;
გ
) დეპარტამენტის მომსახურებაზე მყოფი ორგანიზაციების მიერ წარმოდგენილი საგადახდო მოთხოვნების მიღება, დამუშავება
, დარეგისტრირება სახელმწიფო ხაზინის საინფორმაციო სისტემაში დადგენილი წესებით
. რეგისტრირებული საგადახდო მოთხოვნების რეესტრის ჩამოყალიბება და გადაგზავნა ანგარიშსწორების
დეპარტამენტში;
დ
) საქართველოში უნაღდო ანგარიშსწორების წესებით დადგენილი ფორმების მიღება და დამუშავება;
ე
) დეპარტამენტის მომსახურებაზე მყოფი ორგანიზაციების მიერ გაფორმებული ხელშეკრულებებით გათვალისწინებულ სავარაუდო გადახდებზე ინფორმაციის მიღება და დამუშავება;
ვ
) დეპარტამენტის მომსახურებაზე მყოფი ორგანიზაციების მიერ საქონლის/ მომსახურების/სამუშაოს შესყიდვის მიზნით განსახორციელებელი გადახდებისა და მივლინების ხარჯებზე განსახორციელებელი გადახდების შესახებ ინფორმაციის მიღება და დამუშავება დადგენილი წესით
;
ზ
) დეპარტამენტის მომსახურებაზე მყოფი ორგანიზაციების მიერ წინასწარ გადახდილ თანხებზე დამოწმების დოკუმენტების მიღება და დამუშავება
;
თ
) დეპარტამენტის მომსახურებაზე მყოფი ორგანიზაციების მიერ წარმოდგენილი სავალუტო საგადახდო დოკუმენტების მიღება, დამუშავება და გადაგზავნა ანგარიშსწორების
დეპარტამენტში;
ი) საგადამხდელო და საანგარიშსწორებო დოკუმენტებთან დაკავშირებით კონსულტაციის გაწევა, განმარტებების, ინფორმაციების და კითხვებზე პასუხების გაცემა