1. დეპარტამენტს ხელმძღვანელობს დეპარტამენტის უფროსი, რომელსაც თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს საქართველოს ფინანსთა მინისტრი. დეპარტამენტის უფროსს შეიძლება ჰყავდეს ერთი ან რამდენიმე
მოადგილე, რომლებ
საც თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს საქართველოს ფინანსთა მინისტრი.
2. დეპარტამენტის უფროსი:
ა) ხელმძღვანელობს დეპარტამენტის საქმიანობას;
ბ) იღებს გადაწყვეტილებებს დეპარტამენტის კომპეტენციაში შემავალ საკითხებზე;
გ) პასუხისმგებელია დეპარტამენტზე დაკისრებული ფუნქციების შესრულებაზე;
დ) ანაწილებს ფუნქციებს დეპარტამენტის სამმართველოებს შორის და ახდენს მათი მუშაობის კოორდინაციას;
ე) ხელს აწერს საანგარიშსწორებო საბუთებზე,კომპეტენციის ფარგლებში;
ვ) ხელს აწერს დეპარტამენტში მომზადებულ დოკუმენტებს;
ზ) შუამდგომლობს დეპარტამენტის თანამშრომლების კვალიფიკაციის ამაღლების, მატერიალური წახალისების ან მათთვის დისციპლინური პასუხისმგებლობის დაკისრების შესახებ;
თ) შუამდგომლობს დეპარტამენტის თანამშრომლებისთვის ინვენტარისა და მასალების გამოყოფის თაობაზე, რომლებიც საჭიროა დეპარტამენტის წინაშე მდგარი ფუნქციებისა და ამოცანების შესასრულებლად;
ი) ანგარიშვალდებულია სახაზინო სამსახურის უფროსის წინაშე და პერიოდულად წარუდგენს ანგარიშს დეპარტამენტის მიერ გაწეული საქმიანობის შესახებ.
3. დეპარტამენტის უფროსის მოადგილე:
ა) ასრულებს დეპარტამენტის უფროსის მოვალეობას, დეპარტამენტის უფროსის არყოფნის შემთხვევაში;
ბ) ხელს უწყობს დეპარტამენტის უფროსს დეპარტამენტზე დაკისრებული ფუნქციების განხორციელების დაგეგმვა-კოორდინაციასა და ორგანიზებაში;
გ) დეპარტამენტის უფროსის მიერ განსაზღვრული უფლებამოსილებებისა და საქმიანობის სფეროების გათვალისწინებით წარმართავს და ზედამხედველობს დეპარტამენტში შემავალი ცალკეული სტრუქტურული ერთეულების საქმიანობას.
4. დეპარტამენტის შემადგენლობაში შემავალ სამმართველოს უფროსს,კანონმდებლობით დადგენილი წესით,თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს სახაზინო სამსახურის უფროსი.
5. დეპარტამენტის შემადგენლობაში შემავალი სამმართველოს უფროსები ხელმძღვანელობენ სამმართველოს, უშუალოდ ემორჩილებიან დეპარტამენტის უფროსსა და დეპარტამენტის უფროსის მოადგილეს, ანგარიშვალდებულნი არიან დეპარტამენტის უფროსის ან დეპარტამენტის უფროსის მოადგილის წინაშე, ასრულებენ მათ დავალებებს და ამ დებულებით სტრუქტურული ერთეულებისათვის განსაზღვრულ ამოცანებს და კოორდინაციას უწევენ სამმართველოზე დაკისრებული ფუნქციების შესრულებას