1. კომისიის შემადგენლობაში კომისიის თავმჯდომარის გარდა ასევე შედიან შემდეგი სამუშაო ჯგუფების წევრები:
ა) ქონებრივი საკითხების განმხილველი სამუშაო ჯგუფი;
ბ) კონსტიტუციური შეთანხმებით გათვალისწინებულ ვალდებულებათა შესრულების მონიტორინგის სამუშაო ჯგუფი;
გ) საზღვარგარეთ საქართველოს სამოციქულო ავტოკეფალური მართლმადიდებელი ეკლესიის სტატუსის და ტაძრების კუთვნილების მონიტორინგის სამუშაო ჯგუფი;
დ) საკულტო ნაგებობათა წარმომავლობის დამდგენი სამუშაო ჯგუფი.
2. სამუშაო ჯგუფების შემადგენლობაში თანაბრად უნდა იქნენ წარმოდგენილი საქართველოს სახელმწიფოსა და საქართველოს სამოციქულო ავტოკეფალური მართლმადიდებელი ეკლესიის წარმომადგენლებ