1. აკადემია ექვემდებარება სახელმწიფო კონტროლს, რაც გულისხმობს მის მიერ განხორციელებული საქმიანობის კანონიერების, მიზანშეწონილობის, ეფექტიანობისა და საფინანსო-ეკონომიკური საქმიანობის ზედამხედველობას.
2. აკადემიის სახელმწიფო კონტროლს ,,საჯარო სამართლის იურიდიული პირის შესახებ’’ საქართველოს კანონით დადგენილი წესით ახორციელებს სააგენტო, რომელსაც უფლება აქვს მოითხოვოს კონტროლის განსახორციელებლად საჭირო მასალებისა და ინფორმაციის წარმოდგენა.
3. საჯარო სამართლის იურიდიული პირი − საზღვაო ტრანსპორტის სააგენტო „უმაღლესი განათლების შესახებ" საქართველოს კანონით დადგენილი წესით:
ა) პასუხისმგებელია აკადემიის მიერ საზღვაო უმაღლესი განათლების სფეროში საქართველოს ნორმატიული აქტების შესრულებისთვის;
ბ) უფლებამოსილია განახორციელოს აკადემიის პროგრამული დაფინანსება;
გ) მონაწილეობს აკადემიის ავტორიზაციისა და აკრედიტაციის პირობების შემუშავებაში;
4. სააგენტოს თანხმობით, საქართველოს კანონმდებლობით დადგენილი წესით, აკადემიას შეუძლია განახორციელოს შემდეგი ქმედებები:
ა) უძრავი ქონების შეძენა, საკუთრებაში არსებული ქონების გასხვისება, იჯარით გაცემა და დატვირთვა;
ბ) სესხის აღება;
გ) თავდებობა;
დ) საშტატო განრიგისა და თანამდებობრივი სარგოების განსაზღვრა;
ე) სხვა გადაწყვეტილებები აკადემიის ქონებასთან დაკავშირებით, თუ ისინი სცილდება ჩვეულებრივი საქმიანობის ფარგლებს.
5. აკადემიას უფლება აქვს მისთვის გადაცემული სახელმწიფო საკუთრებაში არსებული ქონება კანონმდებლობით დადგენილი წესით გაასხვისოს ან გადასცეს სარგებლობის უფლებით.
6. აკადემიის მიერ ამ მუხლის მე-4 პუნქტის „ბ“ და „გ“ ქვეპუნქტებით გათვალისწინებულ ქმედებათა განსახორციელებლად აუცილებელია საქართველოს ფინანსთა სამინისტროს თანხმობა.
7. სააგენტო უფლებამოსილია შეაჩეროს ან გააუქმოს აკადემიის არამართლზომიერი გადაწყვეტილება.
8. აკადემია ვალდებულია საქართველოს კანონმდებლობით დადგენილი წესით აწარმოოს საფინანსო-ეკონომიკური საქმიანობის აღრიცხვა-ანგარიშგება, შეადგინოს ბალანსი და დასამტკიცებლად წარუდგინოს სააგენტოს.
9. საჯარო სამართლის იურიდიული პირის წლიურ ბალანსს ამოწმებს საჯარო სამართლის იურიდიული
პირი
ს – საზღვაო ტრანსპორტის სააგენტოს მიერ დანიშნული დამოუკიდებელი აუდიტორი.