პროგრამების მართვისა და სამედიცინო მომსახურების განყოფილების ამოცანები და ფუნქციებია:
ა) ჯანმრთელობის დაცვის პროგრამების მართვა;
ბ) სამინისტროს სხვა სტრუქტურულ ქვედანაყოფებთან ერთად ჯანმრთელობის დაცვის პროგრამების, პროგრამებით განსაზღვრული მომსახურების შესრულების, აღრიცხვის, ანგარიშგებისა და ანაზღაურების წესის პროექტების შემუშავება;
გ) ჯანმრთელობის დაცვის პროგრამებით გათვალისწინებული სამედიცინო მომსახურების განხორციელებასთან დაკავშირებით ვაუჩერის ფორმის, მისი გაცემისა და გამოყენების წესის პროექტის მომზადება;
დ) მოსახლეობისათვის სამედიცინო მომსახურების გაწევის მიზნით წარმოდგენილი დოკუმენტაციის განხილვა და სრულყოფილად წარმოდგენილი დოკუმენტაციის არსებობის შემთხევაში შესაბამისი ვაუჩერის მომზადება;
ე) კომპეტენციის ფარგლებში სამინისტროს სისტემაში შემავალი დაწესებულებებიდან წარმოდგენილი პროგრამების განხილვაში მონაწილეობის მიღება;
ვ) აჭარის ავტონომიური რესპუბლიკის ტერიტორიაზე ჯანმრთელობის დაცვის სახელმწიფო და ადგილობრივი პროგრამების განხორციელებაში ხელშეწყობა;
ზ) სამედიცინო სტატისტიკური ინფორმაციის საფუძველზე მოსახლეობის ჯანმრთელობის დაცვის პროგრამების პერიოდული კორექტირება და დეპარტამენტის უფროსისათვის შესაბამისი წინადადებების წარდგენა;
თ) კომპეტენციაში შემავალ საკითხებზე სხვადასხვა სახელმწიფო და არასახელმწიფო დაწესებულებების, აგრეთვე მოქალაქეთა განცხადებებისა და წერილების დადგენილი წესით განხილვა;
ი) მოსახლეობის ჯანმრთელობის დაცვის საკითხებით დაინტერესებულ საჯარო და კერძო დაწესებულებებთან თანამშრომლობა, შესაბამისი პროექტების მომზადებასა და განხორციელებაში ხელშეწყობა;
კ) მოქალაქეთა მიღება და შესაბამისი კონსულტაციის გაწევა;
ლ) საქართველოს კანონმდებლობითა და მინისტრის სამართლებრივი აქტებით გათვალისწინებული სხვა ფუნქციებისა და ამოცანების განხორციელებ