პროგრამების მართვისა და სამედიცინო მომსახურების განყოფილების ამოცანები და ფუნქციებია:

ა) ჯანმრთელობის დაცვის პროგრამების მართვა;

ბ) სამინისტროს სხვა სტრუქტურულ ქვედანაყოფებთან ერთად ჯანმრთელობის დაცვის პროგრამების, პროგრამებით განსაზღვრული მომსახურების შესრულების, აღრიცხვის, ანგარიშგებისა და ანაზღაურების წესის პროექტების შემუშავება;

გ) ჯანმრთელობის დაცვის პროგრამებით გათვალისწინებული სამედიცინო მომსახურების განხორციელებასთან დაკავშირებით ვაუჩერის ფორმის, მისი გაცემისა და გამოყენების წესის პროექტის მომზადება;

დ) მოსახლეობისათვის სამედიცინო მომსახურების გაწევის მიზნით წარმოდგენილი დოკუმენტაციის განხილვა და სრულყოფილად წარმოდგენილი დოკუმენტაციის არსებობის შემთხევაში შესაბამისი ვაუჩერის მომზადება;

ე) კომპეტენციის ფარგლებში სამინისტროს სისტემაში შემავალი დაწესებულებებიდან წარმოდგენილი პროგრამების განხილვაში მონაწილეობის მიღება;

ვ) აჭარის ავტონომიური რესპუბლიკის ტერიტორიაზე ჯანმრთელობის დაცვის სახელმწიფო და ადგილობრივი პროგრამების განხორციელებაში ხელშეწყობა;

ზ) სამედიცინო სტატისტიკური ინფორმაციის საფუძველზე მოსახლეობის ჯანმრთელობის დაცვის პროგრამების პერიოდული კორექტირება და დეპარტამენტის უფროსისათვის შესაბამისი წინადადებების წარდგენა;

თ) კომპეტენციაში შემავალ საკითხებზე სხვადასხვა სახელმწიფო და არასახელმწიფო დაწესებულებების, აგრეთვე მოქალაქეთა განცხადებებისა და წერილების დადგენილი წესით განხილვა;

ი) მოსახლეობის ჯანმრთელობის დაცვის საკითხებით დაინტერესებულ საჯარო და კერძო დაწესებულებებთან თანამშრომლობა, შესაბამისი პროექტების მომზადებასა და განხორციელებაში ხელშეწყობა;

კ) მოქალაქეთა მიღება და შესაბამისი კონსულტაციის გაწევა;

ლ) საქართველოს კანონმდებლობითა და მინისტრის სამართლებრივი აქტებით გათვალისწინებული სხვა ფუნქციებისა და ამოცანების განხორციელებ