პროგრამების მონიტორინგის განყოფილების ამოცანები და ფუნქციები:
ა) სამინისტროს სხვა სტრუქტურულ ქვედანაყოფებთან ერთად სამინისტროს პროგრამების განხორციელებაზე კონტროლი;
ბ) ჯანმრთელობის დაცვის პროგრამების შედეგების მონიტორინგი;
გ) პროგრამების მონიტორინგის შედეგებზე შესაბამისი აქტების შედგენა/გაფორმება;
დ) პროგრამების მონიტორინგის შედეგად გამოვლენილ დარღვევებზე შესაბამისი ღონისძიებების გატარება;
ე) ჯანმრთელობის დაცვის პროგრამების, პროგრამებით განსაზღვრული მომსახურების შესრულების, აღრიცხვის, ანგარიშგებისა და ანაზღაურების წესის პროექტების შემუშავებაში მონაწილეობის მიღება;
ვ) კომპეტენციაში შემავალ საკითხებზე სხვადასხვა სახელმწიფო და არასახელმწიფო დაწესებულების, აგრეთვე მოქალაქეთა განცხადებებისა და წერილების დადგენილი წესით განხილვა;
ზ) მოსახლეობის ჯანმრთელობის დაცვის საკითხებით დაინტერესებულ საჯარო და კერძო დაწესებულებებთან თანამშრომლობა, შესაბამისი პროექტების მომზადებასა და განხორციელებაში ხელშეწყობა;
თ) მოქალაქეთა მიღება და შესაბამისი კონსულტაციის გაწევა;
ი) საქართველოს კანონმდებლობითა და მინისტრის სამართლებრივი აქტებით გათვალისწინებული სხვა ფუნქციებისა და ამოცანების განხორციელებ