დეპარტამენტის ამოცანები და ფუნქციებია:
ა) კომპეტენციის ფარგლებში მოსახლეობის ჯანმრთელობის დაცვის სფეროში სახელმწიფო პოლიტიკის შემუშავებასა და განხორციელებაში მონაწილეობის მიღება;
ბ) სამინისტროს სხვა სტრუქტურულ ქვედანაყოფებთან ერთად ჯანმრთელობის დაცვის პროგრამების, პროგრამებით განსაზღვრული მომსახურების შესრულების, აღრიცხვის, ანგარიშგებისა და ანაზღაურების წესის პროექტების შემუშავება;
გ) ჯანმრთელობის დაცვის პროგრამების მართვა და შედეგების მონიტორინგი;
დ) ჯანმრთელობის დაცვის პროგრამებით გათვალისწინებული სამედიცინო მომსახურების განხორციელებასთან დაკავშირებით ვაუჩერის ფორმის, მისი გაცემისა და გამოყენების წესის პროექტის მომზადება;
ე) სამინისტროს სისტემაში შემავალი დაწესებულებებიდან წარმოდგენილი პროგრამების განხილვა და ანალიზი;
ვ) მოსახლეობის ჯანმრთელობის დაცვის პრიორიტეტულ მიმართულებათა განსაზღვრა და მათი განხორციელებისათვის შესაბამისი ღონისძიებების გატარება;
ზ) აჭარის ავტონომიური რესპუბლიკის ტერიტორიაზე ჯანმრთელობის დაცვის სახელმწიფო და ადგილობრივი პროგრამების განხორციელებაში ხელშეწყობა;
თ) ჯანმრთელობის დაცვის სფეროში მიმდინარე რეფორმების პროცესში მონაწილეობის მიღება;
ი) სამედიცინო სტატისტიკური ინფორმაციის საფუძველზე მოსახლეობის ჯანმრთელობის დაცვის პროგრამების პერიოდული კორექტირება და სამინისტროს ხელმძღვანელობისათვის შესაბამისი წინადადებების წარდგენა;
კ) კომპეტენციაში შემავალ საკითხებზე სხვადასხვა სახელმწიფო და არასახელმწიფო დაწესებულებების, აგრეთვე მოქალაქეთა განცხადებებისა და წერილების დადგენილი წესით განხილვა;
ლ) მოსახლეობის ჯანმრთელობის დაცვის საკითხებით დაინტერესებულ საჯარო და კერძო დაწესებულებებთან თანამშრომლობა, შესაბამისი პროექტების მომზადებასა და განხორციელებაში ხელშეწყობა;
მ) მოქალაქეთა მიღება და შესაბამისი კონსულტაციის გაწევა;
ნ) საქართველოს კანონმდებლობითა და მინისტრის სამართლებრივი აქტებით გათვალისწინებული სხვა ფუნქციებისა და ამოცანების განხორციელება