1. ცენტრის სამეცნიერო საქმიანობას ხელმძღვანელობს ცენტრის სამეცნიერო საბჭო, რომელიც შედგება 11 წევრისგან.
2. სამეცნიერო საბჭო:
ა) სიითი შემადგენლობის უმრავლესობით ღია კონკურსის წესით ირჩევს ცენტრის დირექტორს დირექტორის უფლებამოსილების შეწყვეტიდან ერთი თვის განმავლობაში;
ბ) ცენტრის დირექტორისაგან ისმენს ცენტრის ბიუჯეტის შესრულების ანგარიშს;
გ) უფლებამოსილია კანონმდებლობითა და ამ დებულებით გათვალისწინებულ შემთხვევებში და წესით ხელშეკრულება შეუწყვიტოს ცენტრის დირექტორს;
დ) სამეცნიერო კვლევაში ჩაურევლად განიხილავს და განსაზღვრავს ცენტრის სამეცნიერო საქმიანობის ძირითად მიმართულებებსა და უზრუნველყოფს ამ მიმართულებათა სწორად განხორციელებას;
ე) ღია კონკურსის საფუძველზე ფარული კენჭისყრით ირჩევს სამეცნიერო სტრუქტურული ერთეულის ხელმძღვანელს, რომელსაც ამტკიცებს დირექტორი;
ვ) სამინისტროსთან შეთანხმებით ამტკიცებს საშტატო განრიგს, სახელფასო ფონდს და სტრუქტურას;
ზ) განიხილავს ცენტრის სტრუქტურული რეორგანიზაციის საკითხებს;
თ) ითანხმებს ცენტრის დირექტორის მიერ შემუშავებული დებულების ცვლილებებისა ან/და დამატებების პროექტს;
ი) მოისმენს და განიხილავს სტრუქტურული ერთეულების ხელმძღვანელების, მათ შორის, ცენტრის საინფორმაციო განყოფილების მუშაობის გეგმებს და ანგარიშებს, ცალკეულ მეცნიერთა საქმიანობის შედეგებს/ანგარიშებს, პრობლემატურ სამეცნიერო საკითხებს, თანამშრომლების სამეცნიერო მოხსენებებს;
კ) განიხილავს გრანტის მოსაპოვებლად ცენტრის სახელით მომზადებული პროექტების თემატიკას და პროექტების სამეცნიერო დონეს;
ლ) საქართველოს მეცნიერებათა ეროვნულ აკადემიას განსახილველად წარუდგენს ცენტრის საქმიანობის წლიურ სამეცნიერო ანგარიშს;
მ) განიხილავს საქართველოს და უცხოეთის სხვა საგანმანათლებლო და სამეცნიერო დაწესებულებებთან სამეცნიერო თანამშრომლობის საკითხებს;
ნ) იღებს გადაწყვეტილებებს სამეცნიერო ჟურნალების გამოცემის თაობაზე, უფლებამოსილია შეარჩიოს სამეცნიერო ჟურნალების სარედაქციო კოლეგიები და პერიოდულად მოისმინოს მათი მუშაობის ანგარიშები;
ო) წარადგენს ღირსეულ მეცნიერულ შრომებს პრემიებისა და ჯილდოების მოსაპოვებლად;
პ) ამ დებულებით დადგენილი წესით ქმნის კონკურსის სამდივნოს დირექტორისა და სტრუქტურული ერთეულის ხელმძღვანელის კონკურსის ორგანიზების მიზნით.
3. საჭიროების შემთხვევაში დასაშვებია მეცნიერთა მოწვევა სხვა სამეცნიერო დაწესებულებებიდან ცენტრის სამეცნიერო საბჭოს წევრებად სათათბირო ხმის უფლები