1. დაწესებულებას მართავს დაწესებულების დირექტორი.
2. დაწესებულების დირექტორი დაწესებულებას მართავს მისი მოადგილეების, დაწესებულების სტუქტურული ერთეულების უფროსების, სექტორის მენეჯერებისა და ცვლის მენეჯერების მეშვეობით.
3. დაწესებულების დირექტორს ჰყავს ორი მოადგილე –
სოციალურ დარგში და საორგანიზაციო დარგში. დაწესებულების დირექტორის მოადგილეების საკურატორო სფეროები განისაზღვრება მათი თანამდებობაზე დანიშვნის ბრძანებით.
4. სოციალურ დარგში დაწესებულების დირექტორის მოადგილე წარმართავს მსჯავრდებულთათვის სასჯელის ინდივიდუალურ დაგეგმვასა და მის აღსრულებასთან დაკავშირებულ პროცესს, უშუალოდ ხელმძღვანელობს სექტორის მენეჯერების მუშაობას და პასუხისმგებელია სამართლებრივი რეჟიმის დაცვაზე.
5. დაწესებულების დირექტორის მოადგილე საორგანიზაციო დარგში წარმართავს დაწესებულების ლოჯისტიკურ, საფინანსო, ორგანიზაციულ და სამართლებრივ უზრუნველყოფასთან დაკავშირებულ საქმიანობას, უშუალოდ ხელმძღვანელობს დაწესებულების შესაბამისი სტუქტურული ერთეულების უფროსების მუშაობას, გარდა უსაფრთხოებისა და სპეციალური აღრიცხვის განყოფილებებისა, რომელიც უშუალოდ ექვემდებარება დირექტორს.
6. დაწესებულების დირექტორის მოადგილეების, დაწესებულების თითოეული სტრუქტურული ერთეულის უფროსის, სექტორის მენეჯერისა და ცვლის მენეჯერის უფლება-მოვალეობები განისაზღვრება საქართველოს კანონმდებლობით და „სპეციალური პენიტენციური სამსახურის შესახებ“ საქართველოს კანონის შესაბამისად დამტკიცებული თანამდებობრივი ინსტრუქციი