სამინისტროს საქმიანობის ფარგლებში დეპარტამენტის ძირითადი ამოცანებია:
1. აფხაზეთიდან იძულებით გადაადგილებულ პირთა ჯანმრთელობის მდგომარეობის გაუმჯობესებისა და სოციალურ საკითხთა დარეგულირებაში მონაწილეობის მიზნით, ჯანდაცვითი და სოციალური პროფილის პროგრამების შემუშავება;
2. სამინისტროში მოქმედი ჯანდაცვითი და სოციალური პროფილის პროგრამების კოორდინაცია და მონიტორინგი;
3. სამინისტროს სისტემაში შემავალი სამედიცინო დაწესებულებების საქმიანობის ხელშეწყობის მიზნით, შესაბამისი მოქმედებების განხორციელებ