დეპარტამენტის კომპეტენციას მიეკუთვნება:
1. კონკრეტული პროგრამის შემუშავების მიზნით, შესაბამისი ინფორმაციის მოძიება და ანალიზი;
2. ჯანდაცვითი პროფილის პროგრამების შემუშავება და მათი კოორდინაცია;
3. სოციალური პროფილის პროგრამების შემუშავება და მათი კოორდინაცია;
4. პროგრამების განხორციელება ან/და პროგრამის განხორციელებაში ხელშეწყობა;
5. პროგრამების მიმდინარეობის მონიტორინგი, პერიოდული ანალიზი და რეკომენდაციების შემუშავება;
6. სახელმწიფო პროგრამებთან დუბლირების თავიდან აცილების მიზნით სათანადო მოქმედებების განხორციელება;
7. დეპარტამენტის სტრუქტურული ერთეულების საქმიანობის ხელშეწყობა და კონტროლი;
8. მოქმედი კანონმდებლობით გათვალისიწინებული სხვა უფლებამოსილებების განხორციელება. ასევე, მინისტრისა და კურატორი მინისტრის მოადგილის ზეპირი და წერილობითი მითითებების განხორციელება.
დეპარტამენტის სტრუქტურა და მათი უფლებამოსილე