შიდა აუდიტის დეპარტამენტის ძირითადი ამოცანებია:

ა) სამინისტროს სისტემის წინაშე არსებული რისკების იდენტიფიცირება და მათი მართვის ხარისხის შეფასება;

ბ) სამინისტროს სისტემის საქმიანობის გაუმჯობესებისა და მისი მიზნების მიღწევის ხელშეწყობა, სამინისტროს სისტემის საქმიანობის საქართველოს კანონმდებლობასთან შესაბამისობის შეფასებისა და საქმიანობის ეკონომიურობის, ეფექტიანობისა და პროდუქტიულობის გაზრდის მიზნით, რეკომენდაციების შემუშავების გზით;

გ) სამინისტროს სისტემის საჯარო მოსამსახურეთა მიერ საქართველოს კანონმდებლობით დადგენილ მოთხოვნათა შესრულების კონტროლი და, დარღვევების აღმოჩენის შემთხვევაში, შესაბამისი რეაგირების განხორციელებაზე მინისტრისათვის ან/და კურატორი მოადგილისათვის (ასეთის არსებობის შემთხვევაში) წინადადებების მომზადება;

დ) სამინისტროს სისტემაში შემავალ და მართვაში არსებულ სუბიექტებში (ასეთის არსებობის შემთხვევაში) სამართალდარღვევის ფაქტის, სამსახურებრივი გადაცდომის ან/და აღნიშნული სუბიექტების მიზნებთან შეუსაბამო ქმედების გამოვლენის მიზნით, სამსახურებრივი შემოწმების  ჩატარება, სამსახურებრივი შემოწმების დასკვნის მომზადება და მინისტრისათვის ან/და კურატორი მოადგილისათვის (ასეთის არსებობის შემთხვევაში) წარდგენა;

ე) საქართველოს კანონმდებლობითა და შიდა აუდიტის დეპარტამენტის დებულებით განსაზღვრული უფლებამოსილების განხორციელებ