შიდა აუდიტის დეპარტამენტის ძირითადი ამოცანებია:
ა) სამინისტროს სისტემის წინაშე არსებული რისკების იდენტიფიცირება და მათი მართვის ხარისხის შეფასება;
ბ) სამინისტროს სისტემის საქმიანობის გაუმჯობესებისა და მისი მიზნების მიღწევის ხელშეწყობა, სამინისტროს სისტემის საქმიანობის საქართველოს კანონმდებლობასთან შესაბამისობის შეფასებისა და საქმიანობის ეკონომიურობის, ეფექტიანობისა და პროდუქტიულობის გაზრდის მიზნით, რეკომენდაციების შემუშავების გზით;
გ) სამინისტროს სისტემის საჯარო მოსამსახურეთა მიერ საქართველოს კანონმდებლობით დადგენილ მოთხოვნათა შესრულების კონტროლი და, დარღვევების აღმოჩენის შემთხვევაში, შესაბამისი რეაგირების განხორციელებაზე მინისტრისათვის ან/და კურატორი მოადგილისათვის (ასეთის არსებობის შემთხვევაში) წინადადებების მომზადება;
დ) სამინისტროს სისტემაში შემავალ და მართვაში არსებულ სუბიექტებში (ასეთის არსებობის შემთხვევაში) სამართალდარღვევის ფაქტის, სამსახურებრივი გადაცდომის ან/და აღნიშნული სუბიექტების მიზნებთან შეუსაბამო ქმედების გამოვლენის მიზნით, სამსახურებრივი შემოწმების ჩატარება, სამსახურებრივი შემოწმების დასკვნის მომზადება და მინისტრისათვის ან/და კურატორი მოადგილისათვის (ასეთის არსებობის შემთხვევაში) წარდგენა;
ე) საქართველოს კანონმდებლობითა და შიდა აუდიტის დეპარტამენტის დებულებით განსაზღვრული უფლებამოსილების განხორციელებ