ევროინტეგრაციის დეპარტამენტის ძირითადი ამოცანებია:
ა) სამინისტროს სისტემაში შემავალ სუბიექტებზე ევროპულ სტრუქტურებში ინტეგრაციის საკითხებთან (მათ შორის, ევროკავშირთან ასოციირების ხელშეკრულების შესაბამისი ვალდებულებების განხორციელება) დაკავშირებულ საქმიანობაზე კოორდინაციის განხორციელება;
ბ) სამინისტროს მიერ, სამინისტროს საქმიანობის სფეროსა და ამოცანების გათვალისწინებით, ევროკავშირთან ასოციირების ხელშეკრულების შესაბამისი ვალდებულებების შესრულების მონიტორინგი, შესაბამისი დოკუმენტებისა და ანგარიშების მომზადება;
გ) ევროკავშირის სპეციალური პროგრამების (მათ შორის, ევროკავშირის ერთიანი დახმარების ჩარჩოპროგრამის, საბიუჯეტო და სექტორული დახმარების პროგრამების, ტექნიკური დახმარების პროგრამებისა და საზღვრისპირა თანამშრომლობის პროგრამების) ფარგლებში, შესაბამისი ღონისძიებების დაგეგმვის, მოლაპარაკებების წარმოების, ჩართულობისა და განხორციელების მხარდაჭერა;
დ) ევროკავშირის ინსტიტუციებთან ურთიერთობის ფარგლებში, კომპეტენციის გათვალისწინებით, შესაბამისი ღონისძიებების დაგეგმვა და განხორციელება;
ე) ევროპის საბჭოს ადგილობრივი და რეგიონული ხელისუფლების კონგრესსა და ევროპის საბჭოს სხვა ინსტიტუციებთან ურთიერთობის ფარგლებში, შესაბამისი ღონისძიებების დაგეგმვა და განხორციელება;
ვ) კომპეტენციის ფარგლებში, ადგილობრივი დემოკრატიის გაძლიერების, ტერიტორიული განვითარების, ადგილობრივი თვითმმართველობისა და რეგიონული მმართველობითი სისტემების რეფორმირებისა და ევროპულ პრაქტიკასთან მათი დაახლოების მხარდაჭერა, საუკეთესო პრაქტიკის ეფექტიანი გამოყენებისათვის შესაბამისი წინადადებების შემუშავება;
ზ) კომპეტენციის ფარგლებში, წინადადებების შემუშავება ეროვნული კანონმდებლობის ევროპულ კანონმდებლობასთან დაახლოების მიზნით;
თ) საქართველოს კანონმდებლობითა და ევროინტეგრაციის დეპარტამენტის დებულებით განსაზღვრული უფლებამოსილების განხორციელებ