მუნიციპალიტეტის ორგანოებთან ურთიერთობისა და რეგიონებში განსახორციელებელი პროექტების დეპარტამენტის ძირითადი ამოცანებია:

ა) შესაბამისი წლის სახელმწიფო ბიუჯეტის შესახებ საქართველოს კანონით გათვალისწინებული საქართველოს რეგიონებში განსახორციელებელი პროექტების ფონდიდან დაფინანსებული და სამინისტროს სისტემაში შემავალი და მართვაში არსებული სუბიექტების (ასეთის არსებობის შემთხვევაში), აგრეთვე მუნიციპალიტეტების მიერ განსახორციელებელი პროექტების კოორდინაცია;

ბ) კომპეტენციის ფარგლებში, კანონმდებლობით დადგენილი წესით, მიზნობრივი პროგრამებისა და სამინისტროს უფლებამოსილებას მიკუთვნებული ინფრასტრუქტურული პროექტების მიმდინარეობაზე მონიტორინგის განხორციელება;

გ) ინფრასტრუქტურული პროექტების განხორციელების მიზნით, საერთაშორისო საფინანსო ინსტიტუტებსა და დონორ ორგანიზაციებთან მოლაპარაკებებში მონაწილეობის მიღება, კომპეტენციის ფარგლებში;

დ) კომპეტენციის ფარგლებში, სტიქიური მოვლენების შედეგების სალიკვიდაციო ღონისძიებების თაობაზე წინადადებების მომზადება/განხორციელების კოორდინაცია;

ე) კომპეტენციის ფარგლებში, სამინისტროს სისტემაში შემავალ და მართვაში არსებულ სუბიექტებს (ასეთის არსებობის შემთხვევაში) შორის კოორდინირებული საქმიანობისა და სახელმწიფო რწმუნებულის − გუბერნატორის ადმინისტრაციასთან, მუნიციპალიტეტის ორგანოებსა და სახელმწიფო ხელისუფლების სხვა ორგანოებთან მათი კოორდინირებული თანამშრომლობისა და ეფექტიანი კომუნიკაციის ხელშეწყობა;

ვ) კომპეტენციის ფარგლებში, სამინისტროს, სახელმწიფო რწმუნებულის − გუბერნატორის ადმინისტრაციასა და მუნიციპალიტეტის ორგანოებს შორის კოორდინირებული თანამშრომლობისა და ეფექტიანი კომუნიკაციის უზრუნველყოფის ხელშეწყობა;

ზ) კომპეტენციის ფარგლებში, მუნიციპალიტეტის ორგანოებისა და სახელმწიფო რწმუნებულის − გუბერნატორის ადმინისტრაციის სახელმწიფო    ხელისუფლების სხვა ორგანოებთან ურთიერობების ხელშეწყობა;

თ) საქართველოს კანონმდებლობითა და მუნიციპალიტეტის ორგანოებთან ურთიერთობისა და რეგიონებში განსახორციელებელი პროექტების დეპარტამენტის დებულებით განსაზღვრული უფლებამოსილების განხორციელებ