სამინისტროს სახელმწიფო კონტროლს დაქვემდებარებული საჯარო სამართლის იურიდიული პირებია:
ა) საქართველოს მუნიციპალური განვითარების ფონდი;
ბ) ევრაზიის სატრანსპორტო დერეფნის საინვესტიციო ცენტრი;
გ) ანაკლიის ღრმაწყლოვანი ნავსადგურის განვითარების სააგენტო;
დ) ვანო ხუხუნაიშვილის სახელობის ეფექტიანი მმართველობის სისტემის და ტერიტორიული მოწყობის რეფორმის ცენტრ