სამინისტროს სახელმწიფო კონტროლს დაქვემდებარებული საჯარო სამართლის იურიდიული პირებია:

ა) საქართველოს მუნიციპალური განვითარების ფონდი;

ბ) ევრაზიის სატრანსპორტო დერეფნის საინვესტიციო ცენტრი;

გ) ანაკლიის ღრმაწყლოვანი ნავსადგურის განვითარების სააგენტო;

დ) ვანო ხუხუნაიშვილის სახელობის ეფექტიანი მმართველობის სისტემის და ტერიტორიული მოწყობის რეფორმის ცენტრ