სამსახურის თანამშრომლის უფლება-მოვალეობები განისაზღვრება „სპეციალური საგამოძიებო სამსახურის შესახებ“ საქართველოს კანონით, სისხლის სამართლის საპროცესო კოდექსით, „ოპერატიულ-სამძებრო საქმიანობის შესახებ“ საქართველოს კანონით, „საჯარო სამსახურის შესახებ“ საქართველოს კანონით, სპეციალური საგამოძიებო სამსახურის უფროსის სამართლებრივი აქტებით, ასევე სხვა საკანონმდებლო და კანონქვემდებარე აქტები