დეპარტამენტის ამოცანების შესასრულებლად საფინანსო-ეკონომიკური სამმართველოს უფლებამოსილებას მიეკუთვნება:

ა) სააგენტოს საქმიანობის საფინანსო უზრუნველყოფა;

ბ) სააგენტოს ფინანსური საქმიანობის კოორდინაცია და სააგენტოს ბიუჯეტის პროექტის შემუშავება;

გ) წლიური საბიუჯეტო კანონის საფუძველზე გამოყოფილი ფულადი სახსრების მართვა;

დ) საბუღალტრო აღრიცხვისა და ფინანსური ანგარიშგების უზრუნველყოფა;

ე) სააგენტოს ბიუჯეტის პროექტის მომზადება, საჭიროების შემთხვევაში მასში ცვლილების შეტანა, დამტკიცებული ბიუჯეტის კვარტალური განაწილება და ბიუჯეტის ყოველკვარტალური და წლიური ანგარიშის მომზადება სტრუქტურულ ქვედანაყოფთან ერთად;

ვ) სააგენტოს დებულებით, ამ დებულებითა და მოქმედი კანონმდებლობით განსაზღვრულ სხვა უფლებამოსილებათა განხორციელებ