აკადემიის სახელმწიფო კონტროლის განმახორციელებელი ორგანოა სამინისტრო, რომელიც ახორციელებს აკადემიის საქმიანობის კანონიერების, მიზანშეწონილობისა და ეფექტიანობის და საფინანსო-ეკონომიკური საქმიანობის ზედამხედველობას. სამინისტრო უფლებამოსილია მოსთხოვოს აკადემიას კონტროლის განსახორციელებლად საჭირო ნებისმიერი მასალისა და ინფორმაციის წარდგენ