1. აკადემია, როგორც საჯარო სამართლის იურიდიული პირი, ექვემდებარება სახელმწიფო კონტროლს საქართველოს კანონმდებლობის შესაბამისად.
2. აკადემიის საქმიანობაზე სახელმწიფო კონტროლს ახორციელებს სამინისტრო.
3. სახელმწიფო კონტროლი მოიცავს:
ა) აკადემიის საქმიანობის კანონიერების ზედამხედველობას;
ბ) ფინანსური რესურსების მიზნობრივი გამოყენების კონტროლს;
გ) სტრატეგიული მიმართულებების შესაბამისობის შეფასებას სახელმწიფო პოლიტიკასთან.
4. სახელმწიფო კონტროლი არ ზღუდავს:
ა) აკადემიურ თავისუფლებას;
ბ) აკადემიის ინსტიტუციურ ავტონომიას;
გ) საგანმანათლებლო და კვლევითი საქმიანობის დამოუკიდებლობა