დეპარტამენტის სტრუქტურული ქვედანაყოფებია:
1. საორგანიზაციო, იურიდიულ საკითხთა და კადრების განყოფილება, რომლის დანიშნულებაა:
ა) აპარატის საორგანიზაციო საკითხთა გადაწყვეტის უზრუნველყოფა;
ბ) ეროვნული უშიშროების საბჭოს სხდომების ორგანიზება;
გ) საქართველოს პრეზიდენტის სამართლებრივი აქტების პროექტების შემუშავება;
დ) აპარატში მომზადებული დოკუმენტაციის სამართლებრივი ექსპერტიზა;
ე) აპარატის თანამშრომელთათვის იურიდიული კონსულტაციების გაწევა და სასამართლო ორგანოებში აპარატის ინტერესების დაცვის უზრუნველყოფა;
ვ) აპარატის საკადრო საკითხთა გადაწყვეტის უზრუნველყოფა.
2. საქმისწარმოებისა და საიდუმლოების დაცვის განყოფილება, რომლის დანიშნულებაა:
ა) აპარატში საიდუმლო და არასაიდუმლო საქმისწარმოების უზრუნველყოფა;
ბ) აპარატში შემოსულ კორესპონდენციაზე ეროვნული უშიშროების საბჭოს მდივნის შესაბამისი რეზოლუციების მომზადება;
გ) საიდუმლოების დაცვის რეჟიმის უზრუნველყოფა;
დ) ეროვნული უშიშროების საბჭოს სხდომების ოქმების წარმოება და რეგისტრაცია;
ე) საქართველოს პრეზიდენტისა და საქართველოს პრეზიდენტის თანაშემწის ეროვნული უშიშროების საკითხებში – ეროვნული უშიშროების საბჭოს მდივნის შესაბამისი გრიფის მქონე დოკუმენტების რეგისტრაცია;
ვ) ჩრდილოატლანტიკური ხელშეკრულების ორგანიზაციის საიდუმლო და კონფიდენციალური ინფორ-მაციის უსაფრთხოებაზე კონტროლის დაწესება;
ზ) ჩრდილოატლანტიკური ხელშეკრულების ორგანიზაციის კლასიფიცირებულ ინფორმაციაზე მუშაობის გასაცემი ნებართვის მომზადების უზრუნველყოფა;
თ) ჩრდილოატლანტიკური ხელშეკრულების ორგანიზაციის კლასიფიცირებულ ინფორმაციაზე მომუშავეთათვის ინსტრუქტაჟის ჩატარება;
ი) აპარატში შემოსული კორესპონდენციის საფუძველზე საინფორმაციო ბაზის შექმნა და საკონტროლო დავალებების შესრულების მიმდინარეობის კონტროლის უზრუნველყოფა.
3. საფინანსო-სამეურნეო განყოფილება, რომლის დანიშნულებაა:
ა) აპარატის თანამშრომელთა შრომის ანაზღაურებით, სამივლინებო ხარჯებით, საოფისე და საკანცელარიო ინვენტარით უზრუნველყოფა;
ბ) საფინანსო დოკუმენტაციის წარმოება;
გ) აპარატის სამეურნეო საქმიანობის წარმოება;
დ) აპარატის თანამშრომელთა სამუშაო პირობებით უზრუნველყოფა;
ე) აპარატზე რიცხული ტექნიკისა და ინვენტარის აღრიცხვა;
ვ) აპარატისათვის გამოყოფილი საბიუჯეტო სახსრების მიზნობრივი გამოყენების უზრუნველყოფა