1. დეპარტამენტს ხელმძღვანელობს დეპარტამენტის დირექტორი, რომელსაც თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს საქართველოს პრეზიდენტი საქართველოს პრეზიდენტის თანაშემწის ეროვნული უშიშროების საკითხებში – ეროვნული უშიშროების საბჭოს მდივნის წარდგინებით.
2. დეპარტამენტის დირექტორი ანგარიშვალდებულია საქართველოს პრეზიდენტის თანაშემწის ეროვნული უშიშროების საკითხებში – ეროვნული უშიშროების საბჭოს მდივნისა და ეროვნული უშიშროების საბჭოს მდივნის იმ მოადგილის წინაშე, რომელსაც კომპეტენციის სფეროდ განსაზღვრული აქვს ადმინისტრაციული დეპარტამენტი.
3. დეპარტამენტის დირექტორი:
ა) წარმართავს დეპარტამენტის საქმიანობას, ახორციელებს დეპარტამენტის თანამშრომელთა გადაწყვეტილებებისა და საქმიანობის სამსახურებრივ ზედამხედველობას;
ბ) ახორციელებს ღონისძიებებს საქართველოს კონსტიტუციის მოთხოვნების, საქართველოს კანონებისა და საქართველოს პრეზიდენტის სამართლებრივი აქტების შესასრულებლად;
გ) საქართველოს პრეზიდენტის თანაშემწეს ეროვნული უშიშროების საკითხებში – ეროვნული უშიშროების საბჭოს მდივანს დასანიშნად წარუდგენს დეპარტამენტის თანამშრომელთა კანდიდატურებს;
დ) საქართველოს პრეზიდენტის თანაშემწეს ეროვნული უშიშროების საკითხებში – ეროვნული უშიშროების საბჭოს მდივანს წარუდგენს წინადადებებს დეპარტამენტის თანამშრომელთა წახალისებისა და დისციპლინური პასუხისმგებლობის შესახებ;
ე) მინიჭებული უფლებამოსილების ფარგლებში აფორმებს შრომით ხელშეკრულებებს აპარატში დასანიშნ შტატგარეშე მოსამსახურეებთან და მოწვეულ სპეციალისტებთან;
ვ) თავისი კომპეტენციის ფარგლებში ხელს აწერს დეპარტამენტში მომზადებულ კორესპონდენციას;
ზ) უფლებამოსილია თავისი კომპეტენციის ფარგლებში გამოითხოვოს სახელმწიფო და კერძო სტრუქტურებიდან საინფორმაციო მასალები და დოკუმენტები;
თ) საქართველოს პრეზიდენტის თანაშემწეს ეროვნული უშიშროების საკითხებში – ეროვნული უშიშროების საბჭოს მდივანს აბარებს ანგარიშს დეპარტამენტის საქმიანობის შესახებ;
ი) დადგენილი წესით ასრულებს საქართველოს პრეზიდენტის თანაშემწის ეროვნული უშიშროების საკითხებში – ეროვნული უშიშროების საბჭოს მდივნისა და ეროვნული უშიშროების საბჭოს მდივნის მოადგილეების ცალკეულ დავალებებს.
2. დეპარტამენტის დირექტორს ჰყავს მოადგილე, რომელსაც თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს საქართველოს პრეზიდენტის თანაშემწე ეროვნული უშიშროების საკითხებში – ეროვნული უშიშროების საბჭოს მდივანი, დეპარტამენტის დირექტორის წარდგინებით.
3. დეპარტამენტის დირექტორის არყოფნის შემთხვევაში, მის უფლებამოსილებას ახორციელებს დეპარტამენტის დირექტორის მოადგილე.
4. დეპარტამენტის დირექტორის მოადგილისა და დეპარტამენტის დანარჩენ თანამშრომელთა ფუნქციონალურ მოვალეობებს ამტკიცებს საქართველოს პრეზიდენტის თანაშემწე ეროვნული უშიშროების საკითხებში – ეროვნული უშიშროების საბჭოს მდივანი