1. დირექციას ერთმმართველობის პრინციპით ხელმძღვანელობს და მართავს დირექტორი, რომელსაც თანამდებობაზე ნიშნავს და ათავისუფლებს სამინისტროს სახელმწიფო საქვეუწყებო დაწესებულების – დაცული ტერიტორიების დეპარტამენტის (შემდგომში – დეპარტამენტი) თავმჯდომარე.
2. დირექტორი უფლებამოსილია:
ა) დამოუკიდებლად მიიღოს გადაწყვეტილებები დირექციის მართვის სფეროს მიკუთვნებულ საკითხებთან დაკავშირებით;
ბ) იმოქმედოს დირექციის სახელით და წარმოადგინოს მისი ინტერესები სხვა ფიზიკურ და იურიდიულ პირებთან ურთიერთობაში;
გ) თავისი კომპეტენციის ფარგლებში გამოსცეს ინდივიდუალური სამართლებრივი აქტები და განახორციელოს მათი შესრულების კონტროლი;
დ) კანონმდებლობით დადგენილი წესით მოითხოვოს და მიიღოს ყველა საჭირო ინფორმაცია, მონაცემი, სამინისტროებისაგან, სახელმწიფო და სამთავრობო უწყებებისაგან და საჯარო სამართლის იურიდიული პირებისაგან;
ე) სამინისტროს დასამტკიცებლად წარუდგინოს მომავალი წლის ყოველწლიური სამოქმედო გეგმა საანგარიშო წლის დამთავრებამდე არა უგვიანეს სამი თვისა;
ვ) აწარმოოს მოლაპარაკება, მოამზადოს და ხელი მოაწეროს ხელშეკრულებებს, განახორციელოს ხელშეკრულებით გათვალისწინებული პირობების შესრულების ზედამხედველობა და კონტროლი;
ზ) დანიშნოს და გაათავისუფლოს დირექციის თანამშრომლები, განსაზღვროს სახელფასო და საპრემიო ფონდი;
თ) ყოველწლიური სამოქმედო გეგმის საფუძველზე დაამტკიცოს დირექციის შემოსავლის განკარგვის და მიღების ყოველწლიური გეგმები;
ი) განკარგოს დირექციის შემოსავალი;
კ) დააკისროს დისციპლინური და მატერიალური პასუხისმგებლობა თანამშრომლებს მუშაობის დროს დაშვებული დარღვევებისათვის;
ლ) დაამტკიცოს დირექციის შინაგანაწესი;
მ) განახორციელოს კანონმდებლობით ნებადართული სხვა უფლებამოსილებები.
3. დირექტორს ჰყავს მოადგილე, რომელსაც დირექტორის წარდგინებით ნიშნავს დეპარტამენტის თავმჯდომარე.
4. დირექტორს ეკისრება პერსონალური პასუხისმგებლობა დირექციის საკუთრებაში არსებული ქონებისათვის და ფულადი სახსრების მიზნობრივად ხარჯვისათვის.
5. დირექტორის არყოფნის დროს დირექტორის მოვალეობას ასრულებს დირექტორის მოადგილე