დეპარტამენტში სამსახურის გავლის სამართლებრივი საფუძვლებია: საქართველოს კონსტიტუცია, საქართველოს საერთაშორისო ხელშეკრულებები და შეთანხმებები, საქართველოს სისხლის სამართლის კანონმდებლობა, საქართველოს ადმინისტრაციული სამართლის კანონმდებლობა, საქართველოს კანონი „ოპერატიულ-სამძებრო საქმიანობის შესახებ“, “გარემოს დაცვის შესახებ” საქართველოს კანონი, „სახელმწიფო სპეციალური წოდებების შესახებ“ საქართველოს კანონი და „საქართველოს გარემოს დაცვისა და ბუნებრივი რესურსები სამინისტროს სახელმწიფო საქვეუწყებო დაწესებულება – საგამოძიებო დეპარტამენტის დებულების დამტკიცების შესახებ“ საქართველოს გარემოს დაცვისა და ბუნებრივი რესურსების მინისტრის 2007 წლის 1 აგვისტოს №1040 ბრძანება, წინამდებარე წესი და სხვა საკანონმდებლო და კანონქვემდებარე ნორმატიული აქტები