1. დეპარტამენტს ხელმძღვანელობს ვალის მართის დეპარტამენტის უფროსი (შემდგომში – დეპარტამენტის უფროსი), რომელსაც შემოსავლების სამსახურის უფროსის წარდგინებით თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს საქართველოს ფინანსთა მინისტრი.
2. დეპარტამენტის უფროსს ჰყავს მოადგილეები, რომლებსაც თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს შემოსავლების სამსახურის უფროსი.
3. დეპარტამენტის სხვა თანამშრომლებს თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს შემოსავლების სამსახურის უფროსი.
4. დეპარტამენტის უფროსი, თავისი კომპეტენციის ფარგლებში:
ა) იღებს გადაწყვეტილებებს, მოქმედებს დეპარტამენტის სახელით, წარმოადგენს დეპარტამენტს სახელმწიფო ხელისუფლების სხვა ორგანოებთან ურთიერთობაში;
ბ) უზრუნველყოფს საქართველოს კონსტიტუციის, საქართველოს კანონების, საქართველოს პრეზიდენტის ბრძანებულებების, საქართველოს მთავრობის დადგენილებების, საქართველოს ფინანსთა მინისტრის ბრძანებების, შემოსავლების სამსახურის უფროსის ინდივიდუალური ადმინისტრაციულ-სამართლებრივი აქტების და სხვა სამართლებრივი აქტების შესრულებას;
გ) ახორციელებს დეპარტამენტის სტრუქტურული ერთეულების საქმიანობის მართვას, კოორდინაციასა და ზედამხედველობას. საჭიროების შემთხვევაში გამოსცემს ინდივიდუალურ ადმინისტრაციულ-სამართლებრივ აქტებს შესაბამისი სტრუქტურული ერთეულის და დეპარტამენტის თანამშრომელთა მიერ შესაბამისი ფუნქციების შესრულების თაობაზე;
დ) იღებს გადაწყვეტილებებს დეპარტამენტის კომპეტენციას მიკუთვნებული საკითხების ორგანიზების, მომზადებისა და ჩატარების შესახებ;
ე) წარადგენს წინადადებებს დეპარტამენტის თანამშრომელთა წახალისების ან მათთვის დისციპლინური პასუხისმგებლობის დაკისრების შესახებ;
ვ) ანგარიშვალდებულია შემოსავლების სამსახურის უფროსის წინაშე;
ზ) გამოსცემს ინდივიდუალურ ადმინისტრაციულ-სამართლებრივ აქტებს;
თ) ცვლის, ძალადაკარგულად ან ბათილად ცნობს დეპარტამენტის უფლებამოსილი თანამშრომლების საქართველოს კანონმდებლობასთან შეუსაბამო ან მიზანშეუწონელ გადაწყვეტილებებს;
ი) საქართველოს კანონმდებლობის შესაბამისად ახორციელებს სხვა უფლებამოსილებებს.
5. დეპარტამენტის უფროსის არყოფნის შემთხვევაში მის მოვალეობას, შემოსავლების სამსახურის უფროსის გადაწყვეტილებით, ასრულებს დეპარტამენტის უფროსის ერთ-ერთი მოადგილ