1. პოტენციური ბენეფიციარი სააგენტოში წარადგენს შევსებულ განაცხადს. საწყის ეტაპზე განაცხადის წარდგენა მოხდება წერილობითი ფორმით. სააგენტოს მიერ შესაბამისი პროგრამული უზრუნველყოფის შექმნის შემდგომ, განაცხადის წარდგენა განხორციელდება ელექტრონული ფორმით.
2. სააგენტო განახორციელებს წარდგენილი განაცხადის შემოწმებას სანერგეების კომპონენტით დადგენილ პირობებთან შესაბამისობაზე.
3. შესაბამისობის შემთხვევაში, მოხდება განაცხადის დაშვება განხილვის შემდგომ ეტაპზე.
4. წინასწარი განხილვის შემდგომ, პოტენციური ბენეფიციარი ვალდებულია, წარადგინოს სააგენტოში სანერგე მეურნეობის შექმნის დეტალური წერილობითი პროექტი, თანმდევ დოკუმენტაციასთან ერთად.
5. წარდგენილ პროექტს თანმდევ დოკუმენტაციასთან ერთად განიხილავს სააგენტოში შექმნილი სპეციალური კომისია, რომლის შემადგენლობაშიც იქნება ცენტრის წარმომადგენელი.
6. კომისია ამზადებს დასკვნას წარდგენილ პროექტთან დაკავშირებით და გადასცემს სააგენტოს მიერ შექმნილ „თანადაფინანსების კომიტეტს“ საბოლოო გადაწყვეტილების მისაღებად.
7. „თანადაფინანსების კომიტეტი“ იღებს გადაწყვეტილებას პროექტის დამტკიცების/უარყოფის შესახებ, ამავდროულად „თანადაფინანსების კომიტეტი“ განსაზღვრავს ყოველწლიურად საწარმოებელი ნერგების რაოდენობის მინიმალურ მოცულობას.
8. „თანადაფინანსების კომიტეტის“ მიერ პროექტის დამტკიცების შემთვევაში, სააგენტო განსაზღვრავს ბენეფიციარის დაფინანსების დეტალურ პირობებს (ტრანშების მოცულობას, თითოეული ტრანშის მიზნობრიობას, თითოეული ტრანშის გაცემის წინაპირობებსა და გაცემის პერიოდულობას) და ბენეფიციართან აფორმებს შესაბამის ხელშეკრულებას.
9. ხელშეკრულების გაფორმების შემდგომ სააგენტო უზრუნველყოფს ბენეფიციარის დაფინანსებას გაფორმებული ხელშეკრულების პირობების შესაბამისა