თითოეული მხარე დანერგავს და შეინარჩუნებს რისკების მართვის სისტემას და მის საფუძველზე განსაზღვრავს თუ რომელი პირი, საქონელი ან სატრანსპორტო საშუალება ექვემდებარება შემოწმებას, და ასევე  შემოწმების დონეს.

თითოეული მხარე იმუშავებს თავისი საბაჟო პროცედურებში რისკების მართვის მეთოდების უფრო ფართოდ გამოყენების მიმართულებით, იმისათვის რომ  გამარტივდეს დაბალი რისკის საქონლის განბაჟება და რესურსები მობილიზდეს მაღალი რისკის საქონელზე.

რისკების მართვა უნდა განხორციელდეს ისე, რომ  მან არ გამოიწვიოს თვითნებური ან გაუმართლებელი დისკრიმინაცია თანაბარი პირობების არსებობის შემთხვევაში ან ფარული შეზღუდვების დაწესება საერთაშორისო ვაჭრობაზ